Kostel je pronajat Městu Kutná Hora.

Tato jediná chrámová novostavba kutnohorského baroka vznikla z iniciativy města v souvislosti s oslavami svatořečení Jana Nepomuckého v roce 1729. Podnětem byla i skutečnost, že jezuité zařadili Kutnou Horu do zastávek na Svaté cestě z Chrudimi do Staré Boleslavi k Palladiu země české.

Plány kostela vypracoval tehdy nejžádanější český architekt František Maxmilián Kaňka a stavba se uskutečnila v letech 1734–1752. Prováděli ji místní stavitelé a dozor v případě komplikací byl svěřen Kiliánu Ignáci Dientzenhoferovi. Dne 5. srpna 1753 byl nový kostel vysvěcen kutnohorským děkanem Václavem Jindřichem Erythreim a sedleckým opatem Jakubem Růžičkou.

V roce 1857 se tento kostel stal především kostelem studentským, navštěvovaným zejména studenty blízké reálky. V letech 1884–1886 byl citlivě restaurován pražským architektem Antonínem Barvítkem.

V roce 1951 byl kostel z rozhodnutí úřadů náhle uzavřen a církevní správa byla donucena jej předat městu. Bohaté vybavení ko

stela bylo zčásti zničeno a rozkradeno. Kostel pak sloužil jako sklad, např. civilní obrany. Od roku 1980 probíhala jeho rekonstrukce, původně s cílem vytvořit z interiéru koncertní síň. Po Sametové revoluci opravy pokračovaly, až byl 2. června 2000 kostel nově vysvěcen. Zároveň je od této doby dlouhodobě pronajatý městu.

Za koncepci stavby i výzdoby vděčíme kutnohorským jezuitům. Sálový prostor interiéru je sklenut třemi plackami, presbyterium konchou. Vnitřní zařízení je jednotné, pocházející z období pozdního baroka a rokoka s prvky klasicismu. Veškerá vnitřní výzdoba je věnována oslavě národního patrona Jana Nepomuckého a nejvýznamnějších českých zemských světců (sv. Václav, Ludmila, Vít, Zikmund, Norbert, Ivan, Kosma a Damián). Nástěnná malířská výzdoba kostela byla dovršena v roce 1752 dílem významného malíře té doby Františka Xavera Palka.