Kostel byl vystavěn asi ve 2. desetiletí 15. století. Zpočátku byl obklopen osadou hutníků, která později zanikla. V letech 1488–1504 byl kostel důkladně opraven a pozdně goticky přestavěn nákladem důlního podnikatele Jana Smíška z Vrchovišť a jeho syna Kryštofa jako smíškovská pohřební kaple. Dne 15. září 1504 byl slavnostně vysvěcen biskupem Filipem Sidonským, který tehdy ve městě sídlil. Od 16. století byl kostel opuštěn a v roce 1588 sloužil dokonce jako městská prachárna. V roce 1817 kostel vyhořel, a proto byl v letech 1896-1898 byl restaurován  architektem Ludvíkem Láblerem.

Tento trojlodní halový kostel je postaven na čtvercovém půdorysu s vysokou střechou, polygonálně uzavřeným presbytářem a západní hranolovou věží, zdobenou kamennými reliéfními znaky.

Kolem kostela se rozkládá hřbitov, dosud sloužící jako místo posledního odpočinku obyvatel Kutné Hory i nedalekých Bylan a dříve též vojáků z kutnohorské posádky a různých válečných konfliktů, zvláště prusko-rakouské války (1866) a II. světové války.

Kostel je po právu považován za drobnou architektonickou perlu, za prostým zevnějškem se totiž ukrývá velmi působivý chrámový prostor pozdní gotiky. Bohoslužby se zde od 19. století konají většinou pouze při příležitosti slavné poutě – svátku Nejsvětější Trojice.